辐照后非小细胞肺癌差异表达基因的生物信息学

为了探讨辐射对非小细胞肺癌(NSCLC)lncRNA基因表达的影响,我们从GEO数据库中检索获得非小细胞肺癌辐照反应后Y染色体lncRNA基因表达谱数据芯片"GSE",并进行多个在线数据库分析。利用GEO2R筛选差异表达基因;DAVID在线工具进行GO和KEGG富集分析;String在线网站构建蛋白互作网络,然后利用Cytoscape软件获取核心基因;通过GEPIA在线工具结合TCGA数据进行预后价值分析。共筛选获得上调表达基因23个,下调表达基因28个,通过构建蛋白网络获得了前20个核心基因。预后分析表结果:CCNA2、HIST1H2BH、HIST1H2BK和HIST1H2BO基因与NSCLC预后生存相关,CCNA2和HIST1H2BK具有致癌基因的功能特点,可促进NSCLC的发生发展;而HIST1H2BH和HIST1H2BO具有抑癌基因的功能特点,对NSCLC的发生发展具有一定的抑制作用(p<0.05)。结果提示,经过辐照处理后NSCLC的lncRNA基因差异性表达较明显,且具有致癌基因或抑癌基因的特点。筛选鉴别这些差异性表达的基因,可对NSCLC的肿瘤发生进展、肿瘤放疗效果、病人预后生存提供一定的诊断和预测价值。

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